Už je to dlouhých šest let, co nám bratři Wachowští představili svojí pochmurnou vizi budoucnosti, ve které je lidstvo lapeno do virtuálních snů Matrixu. Programátor Thomas Anderson, honosící se hackerskou přezdívkou Neo, však tuší, že je něco v nepořádku. Jednoho dne se splní jeho nejdivočejší sny, když je kontaktován Morpheem, sny, které se brzy mají změnit v noční můru. Jako pověstná Alenka v říši divů zjišťuje Neo krutou skutečnost - svět není v pohodě, svět je v pořádném průšvihu, jehož velikost determinují nekonečné řady biorakví. Morpheus a jeho posádka (mno... jak kdo) věří, že Neo je "vyvolený", ten který se dokáže postavit strojům a osvobodit lidstvo ze zajetí. Po vyčerpávajícím tréninku musí Neo při prvním konfliktu s agenty, podprogramy, zajišťujícími v Matrixu pořádek, ukázat, co v něm vlastně vězí. Stane se všechno tak, jak to předpověděla vědma nebo je každý strůjcem svého vlastního osudu?